A gente poderia argumentar aqui que
Grant Morrison, indiretamente, já havia reintroduzido o negócio do irmão na continuidade, antes até de Infinite Crisis, na graphic novel Earth 2, em 2000, ainda na continuidade Pós-Crise, já que o Coruja do Universo de Antimatéria já era esse irmão aí e não o Bruce Wayne de lá ( o nome conselho dos Corujas já alude a essa ligação conceitual). Eu SEMPRE achei que isso era um dos elefantes no meio da sala que nunca foram comentados nas subsequentes histórias da DC.
Se havia um Thomas Wayne lá era de se supor que houvesse um no universo positivo também. Isso já era mesmo um dado pra fazer o Batman ficar com a pulga atrás da orelha. Mas, venhamos e convenhamos, não é que não houvesse motivos pra ele, no mínimo, se distrair da questão...
E existem TANTAS maneiras de se ocultar uma verdade dessas em universos ficcionais gente... Até porque o Bruce Wayne, psicologicamente, sempre operou na suposição de que sua família e pais não tinham esqueletos no armário e eram um brilhante farol de integridade e transparência no meio da Noite Eterna de Gotham City...Ele nunca teve motivos ( salvo o Thomas do Universo de Antimatéria) pra investigar e até o Maior Detetive do Mundo precisa de algo assim pra fazer isso.
Mulher Maravilha e Superman já tiveram N motivos pra duvidar de seus respectivos pais em qualquer uma das continuidades mas isso no caso do Bruce é território não mapeado. Vamos dar o benefício da dúvida e ver onde é que a idéia leva e a competência com que é conduzida( ou não) porque é isso que determinará o mérito da história no fim das contas.
Pessoalmente, falando do ponto de vista de quem teve os grandes mistérios das continuidades de Wonder Woman e Titãs "apagados" sem solução satisfatória canônica, eu tenho até INVEJA dos fãs de Batman que ainda podem ter um subplot misterioso desses correndo há 12 anos "explicado" na nova continuidade pós Reboot. A coisa mais perto de algo assim, explicando, por exemplo, a origem e natureza da Shim'tar, a "gêmea" má da Mulher Maravilha Pós-Crise, EU MESMO tive que bolar pra mim na base do fânon mesmo. Ou seja: no meu ponto de vista, é o caso de ser o lance do "tem gente que é feliz e não sabe".