Alguns amigos me disseram que se for uma matrix dentro da outra seria impossivel o Smith conseguir fazer aquilo. Nao acho. Se é possivel adquirir conhecimento na matrix através de programas, entao é perfeitamente possivel que um programa(ou um virus...)poderoso controle a mente de um humano descuidado, e que se mantenha lá, da mesma forma que o conhecimento adquirido na matrix continua depois(apesar das regras do 'mundo real' limitarem muito disso).
Sobre a ultima cena: o Neo pode ser o primeiro de uma raça humana dotada de uma evolução natural, com capacidades mentais bem mais avançadas, uma evolução necessaria a sobrevivencia da especie e forçada pela realidade deles: ou procura um jeito de superar o inimigo ou morra.
Ou o Neo entrou em coma no MOMENTO EM Q CONVERSAVA COM O ARQUITETO(quem vai saber o poder dele? e nao depois de destruir as maquinas), e todo o resto foi uma especie de sonho ou visão induzidas ou nao pelo proprio arquiteto. Agora nao me lembro se no final do filme, depois que ele esta deitado, se existe alguma evidencia(alem dele em coma) de que os fatos que se seguiram ao Arquiteto realmente aconteceram.
SE realmente houver uma Matrix dentro da outra seria uma solução muito trivial e eu me decepcionaria muito. Se nao for nenhuma dessas 3 alternativas deve ser algo BEM surpreendente, e aguardo ancioso pelo proximo.