Ok, acho que esta seria uma questão útil:
O Arquiteto nos diz que que a matriz na sua versão atual obtém um aprovação de 99% (ou 99,9% - não estou lembrado) entre os humanos.
Por que motivo as máquinas precisariam deste pequeno percentual restante? O custo/benefício de manter uma matriz paralela (Zion) compensaria? Por que motivo as máquinas criariam toda esta história de Zion e Neo e dariam a este predestinado o poder de destruir a matriz escolhendo a porta errada? Mais, por que oferecer a Neo uma escolha que pode destruir a matriz e a humanidade e deixar as máquinas em condições difíceis?
Minha opinião é de que a "anomalia" que existe na programação da matriz é resultado do fato de ser utilizado um algortimo intuitivo (heurístico, na computação). Este tipo de algortimo pode gerar resultados não previstos.
Neste caso, Zion e o surgimento do escolhido são as falhas que ocorrem devido ao comportamento heurístico da matriz, e que, felizmente para as máquinas, têm um comportamento cíclico (ou sistêmico) tornando possível seu controle, uma vez que passam a ser previsíveis.
Isto não explica porque o Arquiteto diz a Neo para escolher 23 pessoas para recomeçar Zion, pois na hipótese apresentada Zion deveria surgir espontaneamente. Mas, bolas, também já cansei de pensar nisto.